Михаил Алексеевич Клишин oкончил Ленинградский политехнический институт. Второе образование получил в Международном банковском институте в Санкт-Петербурге.
С 1980 по 1992 год проходил службу в КГБ СССР.
С 1992 по 1995 год работал руководителем в разных коммерческих структурах. Работал в службе безопасности российско-лихтенштейнского предприятия Аванбург. Позже был техническим директором строительной компания Аванбург, а чуть позже стал учредителем фирмы.
С 1995 по 1997 год являлся главным специалистом отдела безопасности. С 1997 года был заместителем директора банка Россия. Возглавлял кредитный отдел филиала Токобанка в Санкт-Петербурге.
С 1999 по 2004 год был первым заместителем Виктора Евгеньевича Мячина – генерального директора банка Россия.
С 2004 года входил в совет директоров компании Согаз. Является акционером десяти компаний.
В 2011 году на собрании акционеров в ходе голосования был выбран секретарем совета директоров Банка Россия.
