Потомок обрусевшего немецкого дворянского рода Крузенштернов, праправнук основоположника рода в России Филиппа Крузиуса фон Крузенштерна, сын судьи Иоганна Фридриха фон Крузенштерна (1724—1791).
Три года (с двенадцати лет) учился в церковной школе в Ревеле, а затем в Морском кадетском корпусе в Кронштадте.
В 1827 году Крузенштерн назначен директором морского кадетского корпуса и членом адмиралтейств-совета. Шестнадцатилетняя деятельность на посту директора ознаменована введением в курсы морского корпуса новых предметов преподавания, обогащением библиотеки и музеев его многими учебными пособиями, учреждением офицерского класса и другими улучшениями.
Крузенштерн был очень хорошо развит физически. По словам современников, он сильно выделялся среди окружающих, отличался атлетическим телосложением, по внушительности плечевого пояса и богатырской груди превосходил сильнейших матросов возглавляемой им экспедиции. Доподлинно известно, что он в этом путешествии, несмотря на недоумение коллег, возил с собой две двухпудовые гири и ежедневно занимался с ними по 30-40 минут, выполняя своё любимое упражнение — швунг жимовой.
Крузенштерн был большим любителем домашних животных. В путешествиях его сопровождал спаниель, любимец всей команды. Перед каждым отплытием вошло в добрую традицию каждому члену экспедиции потрепать спаниеля за длинные висячие уши, и действительно, путешествия проходили на удивление гладко. Известны буквально анекдотические ситуации, когда дикари, в жизни не видевшие животных с настолько длинными висячими ушами, в ужасе разбегались.
